На момент строительства буддийский храм Санкт-Петербурга был самым северным на планете и первым, построенным в Европе. Здание относят к стилю модерн — при его возведении смело использовали самые современные материалы и технологии. Однако при этом и строго соблюдали каноны тибетского храмового зодчества. Это, к примеру, наклонные внутрь стены, многоярусные объёмы и яркая полихромная окраска.
Дацан представляет собой прямоугольное трехэтажное здание, строго ориентированное по сторонам света. Фасады украшены глазурованной керамической плиткой, позолоченными деталями и резными орнаментами, придавая сооружению сакральное величие и художественную завершенность. Прямо под крышей размещены многочисленные зеркала, символизирующие чистую природу Будды.
Одна из главных особенностей Петербургского Дацана его облицовка — из колотого гранита необычного красно-фиолетового оттенка. Этот цвет еще во время строительства стал причиной неофициального, но очень красивого прозвища дацана — «Аметистовый храм».